Perbandingan struktur kromosom dapat dipakai untuk menentukan evolusi jenis. Teknik tersebut juga telah dipakai untuk menentukan kedudukan marga Homo (manusia) dan Pan (simpanse). Hasil perbandingan struktur kromosom dengan teknik pemeriksaan pita-pita kromosom menemukan banyak persamaan antara struktur kromosom manusia dan simpanse. Jumlah kromosom manusia adalah 46, sedangkan jumlah kromosom simpanse 48, tetapi pada simpanse ditemukan dua kromosom akrosentrik yang jika disambung strukturnya hampir sama dengan salah satu kromosom submetasentrik pada manusia, yaitu kromosom nomor dua. Hal tersebut menunjukkan adanya suatu hubungan filogenetik yang dekat antara manusia dan simpanse. Perbedaan antara kromosom manusia dan simpanse lebih kecil daripada perbedaan antara kromosom monyet (Macacus rhesus) dan kera hijau Afrika (Cercopithecus aethiops).
Walaupun perbedaan antara kromosom manusia dan simpanse kecil sekali, fertilisasi telur manusia dengan sperma simpanse – atau sebaliknya- tidak mungkin, kaicna jumlah kromosom yang berbeda. Selain itu, terdapat perbedaan struktur kromosom yang cukup besar sehingga persatuan kromosom yang homolog tidak dapat berlangsung. Dengan demikian, kekhawatiran bahwa pada suatu saat manusia akan berhasil melakukan percobaan untuk membuahi telur simpanse dengan sperma manusia – atau sebaliknya – dan akan menghasilkan suatu makhluk baru, tidak beralasan. Pembuahan antarjenis dalam alam memang terjadi jika jumlah kromosom sama dan perbedaan struktur kromosom sangat kecil, seperti antara kuda dan keledai atau antara zebra dan keledai. Jumlah kromosom jenis-jenis tersebut sama tetapi strukturnya cukup berbeda sehingga walaupun mungkin terjadi zigot yang kemudian dapat berkembang menjadi anak dan dewasa, makhluk yang terbentuk akan steril karena meiosis tidak dapat berlangsung dengan sempurna.